MenuVyzkoušet zdarma
Menu hamburger
  • Úvod
  • Blog
  • Daňová kontrola: Jak ji zvládnout a vyhnout se rizikům 
19. 12. 2025 11 min čtení

Daňová kontrola: Jak ji zvládnout a vyhnout se rizikům 

Daňová kontrola představuje častou realitu podnikání. Přestože její průběh by měl být jasně vymezen zákonnými pravidly a principy, které přesně určují její postup od zahájení až po ukončení, praxe ukazuje, že jejich výklad bývá různorodý. To často vede k tomu, že řada kontrolovaných firem se ocitne ve sporu s finančním úřadem, který je následně řešen až u soudu. Může se zdát, že poctivé a transparentní vedení firmy je dostatečnou zárukou bezproblémové kontroly, avšak skutečnost bývá složitější – samotná bezchybnost účetnictví totiž nezaručuje klidný průběh kontroly. Důležité je důkladně znát nejen vlastní práva a povinnosti, ale také práva a povinnosti kontrolních orgánů. Vzhledem k tomu, že výklad těchto pravidel často přináší až soudní rozhodnutí, může být znalost aktuální judikatury zásadní pro kvalitní přípravu na daňovou kontrolu. Díky tomu lze předejít nepříjemným překvapením a lépe se orientovat v této náročné fázi podnikatelského života.  

TIP

Náš tip: Aplikace DAUČ vám může být důležitým zdrojem ověřených informací! Její experti totiž přináší aktuální komentáře nejnovějších soudních rozhodnutí, ale také praktické tipy a doporučení, abyste si byli jisti správností všech svých postupů. 

Průběh daňové kontroly a jak ji zvládnout 

Daňová kontrola zpravidla začíná doručením oznámení od správce daně, ve kterém se dozvíte, jaké období, oblast a konkrétní aspekty budou předmětem prověřování. Součástí tohoto oznámení bývá také výzva k předložení všech relevantních důkazních prostředků, které mohou objasnit vaše účetnictví a daňová tvrzení. Cílem této úvodní fáze je, aby správce daně získal kompletní a přesné informace, které mu umožní provést kontrolu efektivně a bez zbytečných průtahů. 

V oznámení bývá stanovena lhůta pro předložení požadovaných dokumentů – nejčastěji 15 dní ode dne doručení. Pokud se ocitnete v situaci, kdy není objektivně možné všechny podklady včas připravit, doporučujeme neprodleně kontaktovat správce daně, informovat jej o vzniklé situaci a navrhnout realistický termín pro jejich dodání. Tím se vyhnete případným komplikacím a prokážete svou vstřícnost a ochotu spolupracovat. 

Formální doručení oznámení však samo o sobě nestačí k zahájení daňové kontroly. Kontrola začíná až okamžikem, kdy správce daně skutečně zahájí prověřování, například předložených dokumentů. Pokud by kontrola nebyla ve skutečnosti zahájena, může to ovlivnit běh lhůty pro stanovení daně. 

Příprava na samotnou kontrolu by měla zahrnovat důkladnou revizi veškeré dokumentace, přípravu podkladů i případnou konzultaci s daňovým poradcem. V průběhu kontroly je třeba zachovat věcnou a otevřenou komunikaci s úřadem, poskytovat požadované informace bez zbytečných průtahů a vést si podrobné záznamy o všech jednáních a požadavcích úřadu. 

Po ukončení kontroly máte možnost využít opravných prostředků, jako je podání odvolání, pokud nesouhlasíte se závěry správce daně.  

Specifické jsou kontroly zaměřené na transferové ceny, kde úřad často provádí vlastní analýzy, zejména substance test a benefit test, a porovnává je s vašimi interními pravidly. V těchto případech je kvalitní a přehledná dokumentace spolu se znalostí aktuálně platných pravidel zásadní pro úspěšné zvládnutí kontroly. 

Prokazování a důkazní břemeno 

V rámci daňové kontroly je nezbytné, abyste předložili dostatečné a relevantní důkazy ke svým tvrzením. Poplatník nese tzv. prvotní důkazní břemeno – musí tedy doložit všechny skutečnosti, které uvádí ve svém daňovém přiznání, a to včetně správnosti, průkaznosti a úplnosti svých účetních či jiných záznamů. Správce daně naopak dokládá pouze ty skutečnosti, které zpochybňují věrohodnost nebo správnost předložených dokladů. 

V praxi platí, že „v daních je pravda jen to, co se podaří prokázat“, obvykle prostřednictvím písemných dokladů, jako jsou faktury, příjmové pokladní doklady, účtenky či další potvrzení o platbách. 

Elektronické doklady a jejich věrohodnost při daňové kontrole 

V současné době je stále běžnější vedení účetnictví a daňové evidence v elektronické podoběElektronické doklady – ať už jde o faktury, příjmové doklady nebo jiné účetní záznamy – jsou z pohledu správce daně plnohodnotné, pokud splňují zákonné požadavky na věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost.  

Věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost daňového dokladu musí po celou dobu jeho existence zajistit jak dodavatel, tak příjemce. Těchto vlastností lze dosáhnout například prostřednictvím spolehlivé auditní stopy propojující doklad s dalšími účetními záznamy (objednávky, smlouvy, platby apod.), případně uznávaným elektronickým podpisem, elektronickou značkou nebo výměnou dat (EDI), pokud jsou nastaveny odpovídající kontrolní mechanismy. 

Správce daně tedy uznává elektronické doklady jako důkazní prostředek, pokud jsou splněny výše uvedené podmínky. V praxi je vhodné udržovat přehlednou a systematickou elektronickou dokumentaci, která umožní rychlé a spolehlivé doložení všech účetních a daňových operací. V případě pochybností o věrohodnosti dokladu může správce daně požadovat doplnění dalších důkazů, například propojení s dalšími účetními záznamy nebo potvrzení o provedení transakce. 

Přehnané důkazní požadavky 

Klíčem k úspěšnému zvládnutí kontroly je tedy kvalitní, přehledná a včasně předložená dokumentace. Je důležité znát, jaké důkazy jsou považovány za relevantní a jak se efektivně bránit případným přehnaným požadavkům ze strany úřadu. 

Aby mohl být výdaj uznán ke snížení základu daně, musí být splněny čtyři podmínky:  

  • poplatník jej skutečně vynaložil,  
  • souvisí se získáním zdanitelných příjmů,  
  • byl vynaložen v příslušném zdaňovacím období a  
  • jeho uznání umožňuje zákon.  

Z těchto podmínek bývá v praxi nejsložitější právě podmínka průkaznosti výdaje. 

Nedávná judikatura naštěstí vymezila, že při posuzování důkazů nelze od poplatníka požadovat absolutní jistotu, ale postačí rozumná míra pravděpodobnosti. To znamená, že i v případech, kdy správce daně zpochybňuje některé doklady, není nutné prokazovat vše do posledního detailu – důležité je, aby celkový obraz transakce dával smysl a byl doložen věrohodnými doklady. 

Podobně na poli DPH je stěžejní podmínkou legitimně uplatněného nároku na odpočet to, že daňový subjekt prokáže svého dodavatele jako plátce DPH. Soud ovšem připustil, že za určitých podmínek nemusí být dodavatel jednoznačně identifikován, pokud ze skutkových okolností s jistotou vyplývá, že postavení plátce DPH nutně měl. 

Ochrana před rizikovými situacemi 

Chcete-li se vyvarovat rizikových situací, které by vzbuzovaly pochybnosti u správce daně, je třeba systematicky ověřovat dodavatele, vést pečlivou dokumentaci a pružně reagovat na jakékoli podezřelé okolnosti a pokud možno se jim zcela vyhnout. V rámci daňové kontroly správce daně často zpochybňuje předložené důkazy, a to nejen na základě podezření týkajících se samotné kontrolované firmy, ale také jejích obchodních partnerů. Daňový subjekt nese odpovědnost nejen za svá vlastní rozhodnutí, ale do určité míry také za jednání svých zaměstnanců či dodavatelů. 

Finanční úřad se při kontrolách zaměřuje často na oblasti, které jsou v praxi spojeny s vyšším rizikem podvodů, jako jsou transferové ceny, řetězové obchody zejména s přeshraničním prvkem, e-commerce, kryptoměny, neoprávněně uplatněné slevy či nezdanitelné částky.  

Mezi typické indicie podezřelého jednání patří spolupráce s nespolehlivými plátci, platby v hotovosti nebo nestandardní obchodní vztahy a například i nevymáhání úroků z prodlení po dodavateli či absence jeho webových stránek. Rizikové může být také tzv. virtuální sídlo. 

Jak se bránit: Odvolání a soudní ochrana 

Pokud se s výsledkem daňové kontroly neztotožňujete, není vše ztraceno – máte možnost se bránit prostřednictvím odvolání. Než však přistoupíte k tomuto kroku, je vhodné důkladně zvážit všechny dostupné možnosti i jejich limity. Po skončení daňové kontroly je zásadní především zjistit, zda správce daně doměřil daň. Pokud ano, je doměřená částka splatná do 15 dnů ode dne, kdy nabude právní moci dodatečný platební výměr. V případě, že s doměřením souhlasíte a máte dostatek prostředků, doporučuje se daň co nejdříve uhradit. Pokud by však okamžitá úhrada byla spojena s vážnými finančními obtížemi, lze požádat o prominutí příslušenství, posečkání nebo rozložení úhrady na splátky – ovšem pouze za splnění zákonných podmínek. Například pokud by okamžitou úhradou nedoplatku byla ohrožena výživa osob na vás závislých nebo by mohlo dojít k zániku vašeho podnikání. Při podání žádosti je důležité správci daně srozumitelně a konkrétně popsat, jaké sociální či ekonomické obtíže vás vedou k této žádosti, a zároveň předložit promyšlený finanční plán, jak a kdy plánujete daňový nedoplatek splatit. Je třeba doložit tvrzené skutečnosti věrohodnými a logickými argumenty. Chybným postupem je uvést v žádosti pouze obecný odkaz na zákonný důvod bez upřesnění, v jakém rozsahu a jak konkrétně se na vaši situaci vztahuje – taková žádost je zpravidla zamítnuta. 

Pokud se rozhodnete podat odvolání proti dodatečnému platebnímu výměru, platí zde třicetidenní lhůta od doručení výměru. K úspěchu je zapotřebí mít připraveny dostatečné důkazy a silné právní argumenty, neboť odvolací orgán může rozhodnutí změnit i v neprospěch daňového subjektu. Zvažte proto pečlivě všechna právní rizika, své finanční možnosti i dostupnost podkladů, abyste se vyhnuli zbytečným komplikacím či dalším finančním sankcím. 

Proti rozhodnutí o odvolání již další odvolání podat nelze, je však možné využít správní žalobu. Tuto možnost ovšem lze uplatnit pouze tehdy, pokud byly vyčerpány všechny řádné opravné prostředky. Před podáním žaloby doporučujeme zvážit nejen pravděpodobnost úspěchu (včetně předchozí rozhodovací praxe soudů), ale také finanční a časovou náročnost soudního sporu, význam doměřené částky nebo případně i to, zda potřebujete obhájit nastavení vašich strategií či procesů i do budoucna. 

Závěr 

Judikatura nabízí řadu přelomových rozsudků, které mají dopad na praxi. Příklady úspěšné obrany i typických chyb mohou být inspirací pro správné postupy při daňové kontrole. 

Základem úspěchu je prevence, kvalitní dokumentace, spolupráce s odborníky, stejně jako spolehlivé zdroje informací, a nakonec i včasná reakce na výzvy úřadu. Pravidelná aktualizace interních procesů a školení zaměstnanců významně snižují riziko problémů při daňové kontrole. 

Podobné články

Proč si jako účetní vybrat Alice? Těchto 10 důvodů vás přesvědčí 

Zaujala vás naše česká aplikace Alice a zvažujete, zda vám dokáže pomoci? Ještě než se na to podíváme, v první řadě se určitě hodí říci, že i přesto, že k jejímu fungování využíváme (naši vlastní) umělou inteligenci Redque, vaši pozici se URČITĚ nechystáme nahradit! Nebojte se, naším hlavním cílem je účetním práci zjednodušit a díky eliminaci ručního přepisování i poskytnout více času na ty úkoly, které vyžadují lidské zapojení.  

Číst více